Trường PTDTBT Tiểu học và THCS Mường Luân được thành lập từ ngày 01 tháng 7 năm 2020 trên cơ sở sát nhập hai đơn vị trường PTDTBT Tiểu học Pá Vạt và trường THCS Mường Luân theo Quyết định số 925/QĐ-UBND ngày 29 tháng 6 năm 2020 của UBND huyện Điện Biên Đông. Trường PTDTBT Tiểu học và THCS Mường Luân có hai địa điểm, cấp THCS được xây dựng ở bản Trung Tâm xã, cấp tiểu học được xây dựng ở bản Pá Vạt, xã Mường Luân, huyện Điện Biên Đông, tỉnh Điện Biên.